تقوم فكرة الكراسي العلمية على الشراكة بين مؤسسة الشارقة الدولية لتاريخ العلوم عند العرب والمسلمين وشخصية أو جهة ما خارجها، لدعم وتطوير مجال من مجالات البحث العلمي في تاريخ العلوم عند العرب والمسلمين ، بحيث تقدم هذه الشخصية أو الجهة التمويل اللازم لذلك، في حين تتولى المؤسسة وضع برنامج للكرسي يسند للعلماء و الباحثين المتميزين الذين يزخر رصيدهم البحثي بإسهامات عالية، نوعية، و كمية في تاريخ العلوم عند العرب والمسلمين.
وتسعى المؤسسة لإنشاء وتنفيذ الكراسي العلمية في مختلف المجالات الخادمة للتراث العلمي عند العرب والمسلمين في الجامعات المتميزة في العالم لتكون جسرا للتعريف بإسهامات الحضارة الإسلامية في خدمة الإنسانية.